对基督徒的逼迫很快就愈演愈烈，也愈来愈普遍。大希律的孙子希律亚基帕（Herod Agrippa）下令处死约翰的兄弟雅各——不要将他与耶稣的兄弟、教会领袖雅各混淆。亚基帕的这一举动深受自己臣民的欢迎。后来，他又逮捕了彼得，但彼得逃脱了。公元62年，另一个雅各——耶稣的兄弟——被大祭司杀害，尽管这并不是某些法利赛派所希望的，也有悖于他们的忠告。
此后不久，耶路撒冷教会的领袖决定迁到培拉（Pella）。培拉位于约旦河以北，这里的居民主要是外邦人。这一举动似乎不仅是因为犹太人对耶路撒冷基督徒的逼迫，也是因为罗马人开始怀疑这个新教 派的真正性质。当时，犹太人的民族主义情绪达到极点。公元66年爆 发了一场起义，这场起义导致罗马军队在四年之后摧毁了耶路撒冷。 基督徒声称自己追随的是大卫的子孙，而大卫的这个子孙却因为自称 是犹太人的王而被罗马帝国的官员钉死在十字架上。最初，基督徒由 被钉死的耶稣的兄弟雅各领导。雅各去世之后，耶稣的另一个亲戚西 门成为他们的领袖。为了消除这一切所引起的怀疑，耶路撒冷的教会 决定迁到培拉。但是，对基督徒的怀疑仍然存在。最终，西门也被罗 马人杀害，尽管我们并不清楚他是死于自己的基督教信仰，还是死于 他自称是大卫的后裔。但不管怎样，这一切的后果是，被犹太人与外邦人双双弃绝的古代犹太教会越来越孤立。到了公元135年，尽管许多犹太基督徒回到了耶路撒冷，但他们几乎与其他基督徒没有任何往来，教会的领导权也被迫交给外邦基督徒。
在约旦以北荒无人烟的地区，犹太基督教接触到同样遗弃了正统 犹太教的其他各种犹太教派。由于缺少与其他教会的联系，这些犹太 基督徒自行发展，经常受到自己周围许多教派的影响。几百年后，当外邦基督徒屈尊为这个已经被遗忘的犹太教会表达一点看法时，他们只是提到这些犹太基督徒的异端邪说与古怪习俗，几乎没有对其做任 何积极的评价。公元5世纪时犹太教会逐渐淡出历史。爱任纽 （Irenaeus）在公元2世纪写到的伊便尼派（Ebionites），指的可能就是他们当中的一些犹太基督徒。爱任纽写道：他们行割礼，仍然遵守律法的规定，他们深受犹太教的影响，以至于他们仍将耶路撒冷作为上帝的居所崇拜。
与此同时，教会——现在由外邦人所主导——仍在吸引着全罗马 帝国的犹太人。教会仍在宣讲自己的信仰成全了犹太教，因此，犹太 人应当信奉基督教。与此同时，一些犹太基督徒——甚至是一些外邦 基督徒——总是想要以教会领袖难以赞同的方式追根溯源。此外，当 时的一些犹太教派也希望在外邦人中赢得信徒，因此就直接与教会展 开了竞争。结果，在教会基本上成为外邦人的教会很久以后，犹太人与基督徒之间的辩论还在继续。许多基督徒撰写论文与讲章驳斥犹太 人，其中有许多并不是直接驳斥犹太人，而是针对可能被犹太教所诱 惑的基督徒。然而，这些论文和讲章确实在基督徒中激发了反犹太人的情绪，而这种情绪将在以后导致罪恶的后果。